崩坏星穹轨道的宝箱分别在空间站黑塔收容舱段、雅利洛-Ⅵ和仙舟罗浮这三个地方，全部宝箱的收集路线，一共有14个地点。打开宝箱来获得特殊的头像、书籍、材料、消耗品等道具，普通宝箱前往标记点即可直接解锁或击败怪物解锁。其他宝箱需要完成特定任务才能解锁。